Το Τμήμα Οικονομικών Υπηρεσιών και Συμβάσεων έχει αρμοδιότητες:
- τον οικονομικό προγραμματισμό και την κατάρτιση του ετήσιου οικονομικού προϋπολογισμού, απολογισμού, ισολογισμού και λοιπών οικονομικών καταστάσεων,
- την κατάρτιση και υποβολή προς τους αρμόδιους φορείς των αναγκαίων οικονομικών αναφορών, σύμφωνα με την κείμενη νομοθεσία,
- τον έλεγχο και την εκκαθάριση των δαπανών προμήθειας αγαθών, παροχής υπηρεσιών και ταξιδίων καθώς και των αποδοχών του με οποιαδήποτε σχέση εργασίας προσωπικού, των αποζημιώσεων του Γενικού Διευθυντή, του Προέδρου και των μελών των συλλογικών οργάνων, των εργολαβικών αμοιβών των συμβάσεων έργου, με βάση πλήρη και νόμιμα δικαιολογητικά, και την έκδοση των χρηματικών ενταλμάτων,
- την ταμειακή διαχείριση και τα συστήματα πληρωμών, την πρόβλεψη εσόδων και δαπανών,
- τη λογιστική παρακολούθηση προμηθειών, υπηρεσιών και την κοστολόγηση υπηρεσιών και μελετών,
- την τήρηση ψηφιακών αρχείων χρηματικών ενταλμάτων και συμβάσεων προμηθειών, αναθέσεων υπηρεσιών, μελετών και έργων.
- την οικονομική παρακολούθηση των συμβάσεων προμηθειών, υπηρεσιών και έργων, τα οποία αναθέτει,
- την οικονομική παρακολούθηση των συμβάσεων του ΚΑΠΕ με φορείς της Ευρωπαϊκής Ένωσης, του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου κ.α., για την εκτέλεση ερευνητικών και λοιπών δράσεων, τις οποίες αναλαμβάνει να εκτελέσει μόνο του ή μαζί με άλλους φορείς, σε συνεργασία με τους υπευθύνους των δράσεων αυτών,
- τον έλεγχο της επιλεξιμότητας των δαπανών προμηθειών και υπηρεσιών στα συγχρηματοδοτούμενα προγράμματα, καθώς και τον έλεγχο της διαθεσιμότητας πιστώσεων στον προϋπολογισμό αυτών,
- τη διαχείριση των πάσης φύσης πάγιων και αναλώσιμων υλικών του ΚΑΠΕ, την τήρηση και διαχείριση μητρώου παγίων,
- τη μισθοδοσία του προσωπικού του ΚΑΠΕ, την σύνταξη και υποβολή Αναλυτικών Περιοδικών Δηλώσεων προς τους ασφαλιστικούς φορείς,
- την απόδοση των κρατήσεων υπέρ του Δημοσίου, υπέρ των ασφαλιστικών φορέων και υπέρ τρίτων,
- τη μέριμνα για την εμπρόθεσμη εκπλήρωση των κάθε φύσεως φορολογικών υποχρεώσεων του ΚΑΠΕ.