Καθώς η ηλιοφάνεια δεν είναι σταθερή καθ’ όλη τη διάρκεια του έτους είναι απαραίτητη η χρήση μιας βοηθητικής πηγής ενέργειας για την κάλυψη των αναγκών που δεν μπορούν να καλυφθούν από το ηλιακό σύστημα. Η βοηθητική πηγή ενέργειας μπορεί να είναι ηλεκτρική αντίσταση, το σύστημα θέρμανσης του κτιρίου, συνδιασμός με γεωθερμία ή βιομάζα. Σ΄αυτή την περίπτωση αναφερόμαστε σε συστήματα διπλής ή τριπλής ενέργειας. Η χρήση του συστήματος θέρμανσης του κτηρίου ή ο συνδιασμός με γεωθερμία ή καυστήρα βιομάζας, επιτυγχάνεται συνήθως με εγκατάσταση κατάλληλων δοχείων με εσωτερικούς εναλλάκτες ή εγγατάσταση περισσοτέρων του ενός θερμοδοχείων.
Ο έλεγχος της βοηθητικής πηγής γίνεται με έναν θερμοστάτη ο οποίος μετρά τη θερμοκρασία του νερού μέσα στο δοχείο αποθήκευσης (στο ανώτερο σημείο του) και ενεργοποιεί τη βοηθητική πηγή όταν η θερμοκρασία του νερού πέσει κάτω από ένα όριο.
‘Ένα από τα πιο συνήθη τεχνικά λάθη που παρουσιάζονται στα ηλιακά συστήματα είναι η λανθασμένη ρύθμιση του θερμοστάτη της βοηθητικής πηγής ενέργειας. Η ρύθμιση του θερμοστάτη δεν θα πρέπει να είναι μεγαλύτερη από τους 45°C, καθώς σε αντίθετη περίπτωση το δοχείο θερμαίνεται σχεδόν αποκλειστικά από τη βοηθητική πηγή ενώ το ηλιακό κύκλωμα παραμένει στάσιμο.
Στη περίπτωση χρήσης ηλεκτρικής αντίστασης ως βοηθητικής πηγής, θα πρέπει να δίνεται στο χρήστη η δυνατότητα χειροκίνητης ενεργοποίησης της μέσω διακόπτη στο κεντρικό ηλεκτρολογικό πίνακα ή σε άλλο εύκολα προσβάσιμο σημείο.
